Theo Sở GD&ĐT Hà Nội, đối với tuyển sinh lớp 6 vào Trường THPT chuyên Hà Nội – Amsterdam, năm học 2013-2014 chỉ tuyển sinh học sinh lớp 5 của các trường tiểu học thuộc Hà Nội, có hộ khẩu thường trú tại Hà Nội, hoàn thành chương trình tiểu học và có đủ 2 điều kiện: Có từ 4 năm trở lên ở tiểu học xếp loại học lực giỏi, hạnh kiểm tốt; Có tổng điểm 2 môn Tiếng Việt và Toán cuối học kỳ hai lớp 5 đạt từ 19,0 điểm trở lên phần mềm kế toán miễn phí Thiết kế website trường học. Trường hợp chưa đủ điều kiện sẽ được nhà trường xem xét.

Phương thức tuyển sinh, căn cứ vào kết quả học tập và rèn luyện của học sinh ở cấp tiểu học, Hội đồng tuyển sinh của trường xét chọn những học sinh có đủ điều kiện được dự kiểm tra hai môn Tiếng Việt và Toán, tổ chức vào ngày 16/6, thời gian làm bài mỗi môn 45 phút, kết hợp trắc nghiệm với tự luận. Từ ngày 6-8/6, trường bắt đầu phát hành đơn và nhận đơn dự tuyển.